蛋白質分離
陽離子氟碳表面活性劑和陰離子氟碳表面活性劑的混合物被用作蛋白質自由流動毛細電泳的添加劑。由于毛細管壁的有效減活作用而有可能使用粗熔融硅毛細管。電滲透流動的量和方向受到氟碳表面活性劑混合物的強烈影響。這一現象被解釋為表面活性劑層的膠束化和定向膠柬的形成。由于采用了帶相反電荷的氟碳表面活性．劑的混合物，所以有可能在同一過程既分離帶正電荷的蛋白質又分離帶負電荷的蛋白質。由于氟碳表面活性劑和蛋白質的電荷的互相作用，因而可能調整分離的選擇性而不必改變緩沖劑的強度或pH值。這一特點可從模型物質肌紅朊和Rnase的可轉向的洗提次序得到證明。氟碳表面活性劑作為添加劑的另一特點是在低濃度、(<100μg／mL)的有效性，甚至在使用低離子強度的緩沖劑時也是如此。所以在高場強度就能完成快速分離而不會出現過量的焦耳熱。例如，帶正電荷和負電荷的蛋白質混合物，在10mmol／L磷酸鹽緩沖劑調節至pH=7的條件下，在小于2min的時間內即可迅速分離。
通過氟碳表面活性劑對硅玻璃的處理，發展了一種測定吸附蛋白質的表面潤濕性的新方法[68]，這種方法無需等待干燥就可測定。在較高的蛋白質濃度，氟碳表面活性劑處理過的玻璃上的蛋白質表面是完全親水的。當蛋白質濃度較低時，則蛋白質層的親水性取決于氟碳表面活性劑的種類，同時也取決于蛋白質的吸附過程。
